由于我国国民经济核算的历史较短，目前国民经济核算工作中还有一些薄弱环节。主要体现在以下几个方面：
第一，核算范围不够完整。从理论上讲，生产范围包括所有货物的生产和所有对外提供服务的生产，但受资料来源的限制，一些部门核算的并不完整，如房地产业中，非房地产开发经营单位从事的以赢利为目的房屋出租活动尚未核算进来。最终使用核算的范围也不全，如固定资本形成中非生产的非金融资产的转移费用没有全部包括进来。另外，目前还没有很好地估算非正规经济部门的活动。
第二，目前的季度核算是累计的季度核算，还没有进行分季核算。
第三，不变价的计算由于受资料的限制，还存在一些薄弱环节，比如，由于我国还没有编制服务进出口价格指数，不变价服务进出口不得不借用有关的价格指数进行推算。