主要有以下几个方面的困难：
第一，国民经济核算所需基础资料还不健全。国民经济核算涵盖了市场经济条件下国民经济运行的主要环节和主要方面，故需要占有大量的、翔实的、及时的信息，包括统计局的统计调查资料、行政管理资料和会计决算资料。目前我国现有的基础资料与国民经济核算的资料要求相比，还有较大距离。比如国民经济核算急需的第三产业资料就还存在较大缺口。
第二，在市场经济条件下，由于一些单位和个人的《统计法》观念还不强，统计对象的配合程度有所下降。各种统计报表要靠调查对象来填报。近年来，无论是企业，还是住户，在统计调查的配合程度上都不如过去，这不能不影响统计调查的数据质量。
第三，社会上对国民经济核算的了解和对核算数据的使用还不够。国民经济核算的专业性相对比较强，加上我国进行国民经济核算的实践时间较短，社会公众对国民经济核算知识了解的不多。比较而言，一些发达国家在这方面比我们的基础好。这也是我们需要加强的方面。