两者在基本核算原则、方法和主要内容方面是一致的，但由于我国国情的不同，加上国民经济核算基础还比较薄弱，因而我国将实施的新方案与联合国标准（1993年）相比还有一些差别和差距。以GDP核算为例，与联合国标准相比，主要差别表现在：
第一，生产范围。1993年SNA明确规定把诸如麻醉品的制造、销售和走私等非法生产活动包括在生产范围之内。新方案没有明确要求包括这些非法生产活动，主要原因是这类活动资料的搜集太困难。
第二，统计单位。联合国推荐的GDP核算单位是基层单位，指“位于一个地点、只从事一种或主要从事一种类型生产活动”的单位。但目前我国GDP核算依据的基础资料主要是以法人企业为统计单位，它可能包括多种类型的生产活动，从而我国GDP行业分类中同一产业部门的产品同质性还有一定差距。
第三，增加值估价。SNA推荐按基本价格计算增加值，以消除不同产业部门总产出支付产品税和获得产品补贴的差异对增加值所产生的扭曲。虽然按基本价格计算增加值很科学，但我国尚不具备条件，目前仍按生产者价格计算增加值。
以上说明，我国将要实施的新方案是从我国的实际情况出发，又尽最大努力向联合国标准靠拢的方案，与后者相比，它确实还存在一定差距，但随着我国统计基础工作的不断改进和完善，这些差距将会逐步缩小。