投入产出调查不同于常规的统计调查，它是为了编制投入产出表而进行的专项调查。投入产出调查与常规统计调查的不同点主要在以下三个方面：⑴调查周期不同。常规统计调查一般是每年（或每季、每月）调查一次，而投入产出调查一般每五年调查一次；⑵调查方式不同。常规统计调查一般采用全面调查或抽样调查的方式，而投入产出调查采用的是重点调查与典型调查相结合的方式，也就是说，对各行业中的大型企业或重要企业进行重点调查，同时，对一些重要的费用构成情况选取部分典型调查单位进行调查；⑶调查内容不同。常规统计调查的内容一般重点关注企业的生产和经营的总量指标，而投入产出调查关注的重点则是企业生产过程中成本费用的结构和增加值的构成情况。
由于常规统计调查所获得的资料无法满足投入产出表编制的需要，所以必须进行专门的投入产出调查来获得必要的资料。为此，《国务院办公厅关于进行全国投入产出调查的通知》（国办发【1987】18号）规定，从1987年起每五年进行一次全国投入产出调查和编表工作。目前，我国已成功进行了四次投入产出调查，正在进行的2007年投入产出调查是第五次调查。