一是两者构成的内容不同。税收是财政收入的主要构成。地方财政收入包括地方税收收入和其他收入。而GDP从分配主体看，可分为国家所得、企业所得与个人所得三大部分。国家所得的核算中主要参考全市税收收入指标，企业所得主要参考折旧、利润总额等指标，个人所得主要参考劳动工资总额、居民可支配收入等指标。
二是两者覆盖范围不同。由于GDP是按“在地”口径核算，作为财政收入主要构成的税收收入包括地方税和中央税，均应计入本市GDP中，而与地方财政收入关系密切的主要是地方税。由于中央税和地方税的税种结构不同，两者往往存在较大差异。
三是财政收入的税收种类与GDP核算中的税收内容并不完全一致。财政收入中的营业税和增值税等与生产经营直接相关，基本与GDP核算中的二、三产业增加值相对应，具有较高的相关性，而企业所得税、个人所得税、房产税等属于对部分经济的再征税和再转移，不直接计入GDP中，与GDP核算并没有直接关系。
四是两者核算时间存在差异。从产品生产的角度看，如果当前生产的产品未实现销售，就不能计入当期税收，但GDP核算却只要产品生产出来都应当期核算，计算增加值。因此，财政收入相对于GDP具有滞后性，即当前的财政收入中可能包括了去年或更长时间生产的产品实现销售后应征的税收。