为全面掌握我国R&D活动情况，更好地适应新形势下宏观管理的需求，经国务院批准，国家统计局、科技部、国家发展改革委、教育部、财政部、国防科工局决定联合开展第二次全国R&D资源清查。
第二次全国R&D资源清查的目的是全面调查了解我国R&D活动的总体规模和分布情况；研发队伍的规模和素质状况；研发资源的投入、成果及产出效益情况；政府对R&D活动扶持政策的落实情况等。通过清查，进一步规范科技统计工作，完善科技统计指标体系，夯实统计基础，提高数据质量，为制定“十二五”国民经济和社会发展规划及科技发展规划，监测和评估我国自主创新能力和创新型国家建设进程提供依据。
此次清查的对象是国民经济中R&D活动相对密集行业的法人单位。涉及的范围包括：农、林、牧、渔业，采矿业，制造业，电力、燃气及水的生产和供应业，建筑业，交通运输、仓储和邮政业，信息传输、计算机服务和软件业，金融业，租赁和商务服务业，科学研究、技术服务和地质勘查业，水利、环境和公共设施管理业，教育，卫生、社会保障和社会福利业，文化、体育和娱乐业等。
清查的主要内容包括R&D活动人员数量、素质及其工作量情况；R&D经费支出、用途及来源情况；研发用仪器设备等固定资产拥有情况；各类研发机构的基本情况；R&D项目（课题）的研究类型、组织方式及社会经济目标等情况；专利等自主知识产权的拥有及使用情况；技术引进、消化吸收和技术改造情况；政府给予研发活动的税收减免情况等。