第二次全国农业普查的普查对象是全国（除港澳台）的农村住户、城镇农业生产经营户、农业生产经营单位、村民委员会和乡镇人民政府。通俗地说，就是“住在农村的”和“从事农业的”单位、个人全部都是普查对象，具体是指：
（一）农村住户。无论是否从事农业、是否从事生产经营，无论是本地户还是外来户，也无论是否农业户籍，农村地域的所有住户都是本次农业普查的对象。
（二）城镇农业生产经营户。是指在城镇地域经营农、林、牧、渔业和农林牧渔服务业的户。
（三）农业生产经营单位。是指除住户以外的经营农、林、牧、渔业和农林牧渔服务业的法人单位、产业活动单位和基本符合法人单位条件的未注册单位。既包括主营农业的各种企事业单位、农户合作经营单位，也包括工矿企业、机关、团体、学校等附属的农业生产经营单位。既包括在农村的单位，也包括在城镇的单位。
（四）村民委员会，指所有行政村村民委员会。在第二次全国农业普查中，列入农业普查农村范围的居民委员会以及具有村级行政管理职能的农（林、牧、渔）场管理机构视同村民委员会。
（五）乡镇人民政府，指所有乡、民族乡、镇人民政府。在第二次全国农业普查中，有农业用地、或者农业生产场所、或者农村住户的街道办事处和具有乡镇政府职能的农（林、牧、渔）场的管理机构视同乡镇人民政府。