为便于组织农业普查，避免普查对象的重漏，保证普查数据的质量，第二次全国农业普查方案中规定了以下登记原则。普查指导员和普查员应严格遵守。
（一）住户普查表登记原则
住户普查表登记农村住户和城镇农业生产经营户。无论农村还是城镇的农业生产经营户均需要填户1表和户2表，农村其他住户填户1表或户3表。住户普查表的主要登记原则如下：
1.农村普查区按“有户就查”的办法对农业生产经营户和农村其他住户进行摸底。城镇普查区按“以地（设施）找户”的原则查找城镇农业生产经营户。
2.按自然户登记人口与就业情况。住户原则上以经济、生活连为一体的人员为一户。
3.主要按居住地登记农业生产。是指普查时点“人在哪里，就在哪里登记”。一个家庭在不同的普查区经营农业生产时，如果家庭成员分住在这些普查区中，农业生产经营活动按不同的农业生产经营户分别登记在这些普查区中。如果家庭成员只居住在一个普查区中，农业生产经营活动只按一个农业生产经营户登记在这个普查区中。农业生产经营户居住在其他农村普查区时，由其他农村普查区登记。但是，农业生产经营户不居住在本普查区，而是居住在城镇地域时，由本普查区负责登记。
4.实地摸底、入户访问、当场填报。鼓励普查员在入户访问前使用户籍记录、土地承包合同记录以及其他行政纪录进行准备以便更好地把握住户情况，但所有摸底、登记工作必须入户，在户中当场完成。
（二）单位普查表登记原则
单位普查表用于登记各种农业生产经营单位，无论该单位是在农村还是在城镇。单位普查表的主要登记原则如下：
1.采用记录查询、部门议查和实地访查相结合的办法查找农业生产经营单位。
2.以乡镇划界、组织单位现场登记工作。法人单位和在同一个乡镇的产业活动单位由法人单位组织填报，报法人单位所在乡镇农业普查办公室。法人单位在其他乡镇的产业活动单位由产业活动单位填报，报产业活动单位所在乡镇农业普查办公室。乡镇农普办负责对单位性质进行核实和编码。
3.按“谁经营、谁填报”的原则登记农业生产经营活动。农业生产经营单位登记自有、租入的农业生产用地、设施和设备，雇用的农业从业人员，以及其农业生产和经营情况。不登记通过订单、产品购销合同向住户或其他单位采购的农产品。已经出租或转包给他人经营的土地、设备、设施以及生产的农产品，按谁经营谁填报的原则，由承租或承包经营的住户或单位登记。
4.“访问代填”和“自行填报”相结合的方法采集数据。原则上采取普查员或普查指导员访问代填的方法，大型企事业单位也可在参加培训、掌握普查问卷填写方法的基础上，采用自行填报的方法。