机构组织在创建时即考虑到务必去行政化。各美术馆加入不论大小、级别、性质，只要是一个规范的馆（画院）都可以，在架构安排上只设理事，轮值主席单位，由轮值主席馆安排协作组织的年度活动，以此调动全体会员单位的积极性和创造性。协作组织设秘书长职位，负责日常工作，除此以外成员组织单位进出自主，团结一切可以团结的馆（院）。
因此，协作机制所组织的活动方向性、个性化十分明显，各馆除了特色藏品交流，还会推出区域特色鲜明的学术展、艺术展，排除了一些平庸展览，包括一般性个展等，这也是与其他长三角书画展的不同之处。另一方面，近十年也是美术馆蓬勃发展的十年。长三角地区更是如此。有些省级大馆碰到了过去小馆才有的人、财、物的困难，而有些曾经的“小馆”如今有了几万平方米的新址，不再需要依托大馆来做事情。
所谓大馆的优势已经弱化了，千讯咨询发布的《中国美术市场前景调查分析报告》显示，许多原来的中小美术馆依托灵活运营机制，已经弯道超车，取得了良好的效益和影响力。如今，协作机制更像是一个大家庭，没有绝对的“龙头老大”，大家相互依存，碰到什么问题，可以一起交流解决。近年来，全国各地成立了很多美术馆联盟，但像长三角美术馆协作机制这样有长期积累，并有实质性活动和业务交流的却鲜见。在长三角一体化战略新的历史机遇下，协作机制也面临着转型。
希望机制能够进一步做强做大，各个美术馆将来能够互通有无，互为增长，借助长三角的地域优势，做整体的对外形象发布，并进一步提高国际影响力。”阮竣介绍，下一步，协作机制将打造更丰富的年度展览活动，并辐射到艺术家交流、收藏等领域。上海艺术家有意愿走出去分享交流，而且很多年轻艺术家在靠作品销售养活自己，苏浙皖地区的收藏力量比上海强。希望能通过机制，让长三角美术生态活起来。