作为制造业和外贸色彩较为浓重的城市，珠海和东莞两市还均视跨境电商为经济发展新动能，并希望推动其与各自传统产业结合，以加速整体产业转型升级的步伐。珠海明确，该市要通过跨境电子商务的创新实践，促进外贸转型升级，形成外贸发展新动能，跨境电子商务交易额和增速位居全省前列。具体而言，包括将推动品牌企业实施“互联网+”战略，集聚一批跨境电子商务龙头企业，培育一批本土跨境电子商务企业，实现外贸出口和产值同步增长。
千讯咨询发布的《中国电子商务市场前景调查分析报告》显示，珠海提出鼓励电子商务平台以互联网+供应链生态系统的商业模式为跨境电子商务企业提供外贸供应链综合服务，为广大制造企业、贸易企业提供一站式综合物流服务。作为“世界工厂”，东莞在此方面更是有着全面布局，明确要用3年时间推动东莞加速形成制造、交易、集货、支付、物流、结算、结汇等全产业链“闭环式”生态圈。
东莞一个细化目标是“跨境电子商务供货基地”，思路是要顺应外贸订单碎片化新常态，推动传统制造业企业应用跨境电子商务开展“互联网+营销”新模式，逐步提高跨境电子商务出口在全市外贸出口中的比重。
当前各跨境电商综试区的一大探索重点是要加大与当地产业结合，推动更多产业嫁接互联网，并由此形成跨境电商产业集聚，“只有这样才能探索出地方特色，进而为全国提供多元化经验，并且从方向上来看，未来的跨境电商综试区的探索也将从制度创新层面进一步向更贴近市场的方向延伸，并且还将突破商品层面，融入服务贸易”。
目前，东莞跨境电商规模与本身制造业优势不相匹配，也与深圳、广州等差距较大。比如，东莞卖家数量不及深圳十分之一，个体的体量也有较大差距，深圳营业额在3亿-5亿的公司比比皆是。此外，服务机构、配套、支付等方面也有差距。上述短板将随着东莞跨境电商综试区的探索建设而逐步扭转，从而推动东莞转型升级，提升市场和贸易开放度。