四川的港口建设绕不开与重庆的关系。长期以来有个误区，就是重庆从四川分出去之后，四川就没有了航运优势。长江是世界上最繁忙的内河，也是四川出川的重要通道，没有理由不利用这条黄金水道。相较而言，宜宾和泸州的港口陆域条件比重庆好，重庆港口的航道比四川的条件好。长江重庆港以下是一级航道，而泸州和宜宾段还是三级航道，但四川也一直在努力推进航道升级。
千讯咨询发布的《中国港口市场前景调查分析报告》显示，与长江中下游的其他港口相比，四川省港口整体承载量较小。希望通过整合，最终达到1+1+1大于3的结果，构建长江黄金水道港运物流新格局。重庆定位为长江上游航运中心，而此次四川提出要打造长江上游（四川）航运中心，该如何处理与重庆港的关系呢？专家都表示重点应放在双方的分工与合作。四川的港口整合也突出了合作的部分，其中万州港将是合作的重点。
今年6月签署的重庆、四川两地政府《深化川渝合作深入推动长江经济带发展行动计划（2018-2022年）》就提出，水路方面，畅通长江上游航道的同时，将大力推进陆水联运，开辟达州—万州港通江达海新通道。
位于重庆下游的万州港与四川的达州临近。四川希望借助万州港，打造四川省川东北地区出海的最近通道。借道万州港，达州到上海将节省500多公里的水路距离。因此，四川也提出支持中国铁路成都局集团公司建设万州铁水联运港，支持达州建设秦巴地区综合物流枢纽。