南沙港区位于广州市南沙区西岸龙穴岛，南向南海，东望深圳，在地理位置上，是珠江三角洲的几何中心，覆盖整个珠三角城市群，是广州、佛山、以及其他珠三角西翼城市通向海洋的必经之路。从地图上看，南沙港区上位于粤港澳大湾区“A”字型中的横轴。整个珠三角天然的优良港口不是特别多，而南沙港的地理位置则非常关键，这是一个很大的优势。
此外，优越的水深条件也是南沙港区得以迅速建设并发展的另一原因。在国际航运大型化迅猛发展的过程中，船舶规模迅速跃升，为了适应这个趋势，广州开始着眼建设南沙港区，不断拓宽航道。广州只有南沙港才是天然深水港，南沙的建设使得广州港从一个河港转变成一个真正的海港。
目前，南沙港区出海航道水深达15.5米，可满足10万吨级船舶进出。2017年，广州港深水航道拓宽工程一期工程顺利完工，将南沙港区龙穴岛至珠江口全长66.6公里的航道从原来的243米拓宽至385米，并启动了10万吨级集装箱船与15万吨级集装箱船双向通航试运行。
千讯咨询发布的《中国港口市场前景调查分析报告》显示，得天独厚的自然条件让南沙港口区的枢纽作用愈加明显，在广州打造国际航运枢纽中心的过程中，其重要性不言而喻。2015年，广州市政府也出台了《建设广州国际航运中心三年行动计划（2015-2017年）》，如今，南沙港区国际影响力不断提升，国际航线持续增加，越来越多的国际知名企业入驻南沙，一些新业态的涌现也非常亮眼。
国际航线的开辟是衡量港口国际化程度最直观的指标，截止2018年4月，南沙港区已开辟班轮航线122条，其中国际航线达90条。中国远洋海运集团与以星公司合作开辟的西南非线ZAX3正式在南沙运营，南沙港到非洲的航线再添一条。今年上半年，南沙港区的国际航线预计还将增加10条左右，大部分是去往东南亚国家。今年也将会是外贸航线增长最多的一年，将有12-15条。