“大部制”的特点是把多种内容有联系的事务交由一个部管辖，以最大限度地避免政府职能交叉、政出多门、多头管理，提高行政效率。在专家看来，中国食药监管体系兴起20年后，还有进一步改革完善的空间，比如考虑尝试大健康、大市场并行的新监管模式。
1998年国家药监局成立是中国食药监管体系变革的起点，之后的20年里，食药监管体制几经变迁，经历了从“垂直分段”向“属地整合”的转变，以及2013年的食药监管机构改革大整合。由各级政府整合质监、工商、食药监部门所形成的食品安全监管机构和队伍，通过相对集中监管，解决了“九龙治水”这一基础性难题。2014年进行市场监管综合执法改革后，一些地方还在市县两级推行市场监管部门“多合一”的改革。
然而，综合执法对食药监管专业性的影响尚存争议，千讯咨询发布的《中国食品市场前景调查分析报告》显示，个别地方在体制改革中没有突出食品药品安全监管水平和能力，单纯追求机构合并，异化了改革初衷。“全国人大常委会执法检查组的报告中也说了，综合执法改革在一些地方弱化甚至边缘化了食品安全监管职能，综合执法改革使得药品监管力量有所弱化，监管人员多由其他部门划转，人员老化、专业知识匮乏，专业人员流失较严重。”胡颖廉说。
此外，按照一般规律，农牧业生产和食品药品生产加工规模大的地区应单设食药监管机构，实现监管与产业相匹配，可现状并非如此。全国前500个食品产业大县里，单设食药监管机构的仅占到48%。当前，我国许多农产品和食品产量已居世界首位，但产业整体“大而不强”，不平衡、不充分发展的特性表现得尤为明显。药品产业也如出一辙，当前全国药品生产企业近5000家，解决了缺医少药、产业壮大问题后，正在从仿制药大国向创新药强国转变。