在此背景下，长三角地区的基础设施建设、物流等方面都将面临新的合作课题。其中，上海将发挥引领作用，在各个方面主动融入，推动上海与周边城市协同发展。上海应积极推进长三角港口协同机制建设，其中包括制定长三角港口协同发展条例、建立长三角港口法定协调机制、统一规章制度营造公平营商环境及制定港口绿色安全发展相关规定。
千讯咨询发布的《中国物流市场前景调查分析报告》显示，除了交通物流领域的合作在不断深化，科技创新将是今后一个时期长三角合作与发展的一项重大任务。上海市科协人士认为，应当组建若干行业领域的长三角区域产业基金，以基金的市场化手段，促进创新链和产业链的有效融合，重点培育长三角区域的主导产业，培育具有较强竞争力的大型企业集团，促进长三角区域的产业升级及经济发展。政府搭台，企业唱戏。长三角一体化进程中，企业一直扮演关键角色，其中不乏民营企业的身影。
将从以下几方面着力：一是发挥张江的科技创新优势，以张江的人才、研发机构、大科学设施，服务于长三角的产业升级换代;二是发挥市场的力量，以科技投融资为抓手，促进产业在长三角地区的科学布局和利益共享机制的建立;三是发挥自贸区和科创中心的窗口优势，更好地配置全球创新资源，帮助长三角地区形成全球科创资源的首选集聚地。袁涛表示，预计未来会启动一些相关合作项目。
2017年9月，复星集团牵头的民营联合体与浙江省政府正式签署协议，用PPP的方式打造国内第一条民营控股的铁路――杭绍台高铁，目前双方合作进展顺利。杭绍台高铁的经验应在长三角轨交建设中得到复制推广。他认为，长三角城市带在跨省区综合交通运输网路的建设方面缺乏统筹规划，不利于长三角城市一体化进程，建议以上海为中心，支持长三角城市推动轨道交通一体化建设。