在接入国家高速公路网络的同时，对于香港而言，耗巨资修建这样一条高难度工程究竟值不值得的问题，成为该项目备受港人争议的焦点之一。2015年的平均每日跨境旅客乘客量总计70.16万人次，并预测到2018年这个数字将增加到73.86万人次，其中高铁将分担10.92万人次的跨境旅运需求，而广九直通车的运载数量将从1.04万人次降至7300人次。
针对香港高铁的直接经济效益，中银香港高级经济研究员王春新专门算过一笔账。他得出的结论是，50年运营期内的高铁香港段直接经济收益可达到2600亿元，也就是建造成本的三倍。依据国际经验，在计量铁路项目的直接经济效益时，一般只计算乘客节省的时间价值、其他交通工具运作节省的成本和交通意外减少的价值，其中乘客节省时间的价值占到95%以上，是重点关注的事项。
广深港高铁香港段可为每名乘客节省1.16小时/每程，每年可为全部乘客节省3900万小时；以50年运营期计算，所直接带来的效益折现估算为900亿港元。如果再加上因高铁投入服务而新增或衍生的客流量，乘客节省的时间价值可望增加至1080亿港元。
这还不包括高铁的剩余价值。按照房运局最初估算的结果，高铁收益包括票务收益和非票务收益两部分，前者根据高铁香港段的乘客量预测及假设可摊分的车费计算，千讯咨询发布的《中国铁路市场前景调查分析报告》显示，后者包括与铁路相关的商业活动，如广告费收入、商场及电讯设备的租金收入等。
尽管高铁开通时间比预测晚了三年，但营收预算依然有效。如果高铁在今年秋季顺利通车，50年运营期内所带来的收益折现估算为1230亿港元左右。加上50年经营期满后，特区政府估计高铁香港段的剩余价值仍有310亿港元，累计收益合共2600亿港元。