商务部正按照党中央、国务院的统一部署，会同相关省市和部门，在高标准高水平建设自贸试验区的基础上，围绕建立自由贸易港区积极开展工作。目前，商务部正会同上海市和相关部门研究制定有关的建设方案。上海自贸试验区已明确提出设立自由贸易港区，对标国际最高水平，实施更高标准的贸易监管制度。上海将根据国家授权实行集约管理体制，探索实施符合国际通行做法的金融、外汇、投资和出入境管理制度，建立和完善风险防控体系。
据千讯咨询发布的《中国贸易市场前景调查分析报告》显示，浙江自贸试验区制定了初步建成自由贸易港区先行区的发展目标，对接国际标准，推动以油品为核心的国际大宗商品贸易自由化。商务部此次以上海与浙江为例，是因为这两个自贸试验区在此前公布的方案中，都明确提出建设自由贸易港区的目标。今年3月底公布的《全面深化中国(上海)自由贸易试验区改革开放方案》提出，上海将在洋山保税港区和上海浦东机场综合保税区等海关特殊监管区域内，设立自由贸易港区。
世界先进的自由贸易港和我国现有自贸试验区的突出区别在于，前者进出口手续极为简便甚至大部分免办。为此，上海自由贸易港区将探索实现一线无条件准入、登记式备案、区内免证免审。具体措施包括，实施第三方采信乃至多方采信，采用合格假定、非侵入式监控等理念。在“管得住”上，应用风险管理理论和技术。在大数据分析的基础上，确定负面清单和重点监管对象，精准高效地守住底线。