江苏一直以来是加工贸易大省，从外贸结构看，原本占绝对优势的加工贸易及保税物流业务量占比下降。到2017年1-8月，加工贸易占比已下降到41%，而同期的一般贸易占比为49%，这显示出整体进出口结构趋向均衡。
随着转型升级的深入，据千讯咨询发布的《中国贸易市场前景调查分析报告》显示，江苏加工贸易由“两头在外”、“大进大出”逐步向利用国际国内“两个市场、两种资源”转变，产业链不断延伸，从单纯代工逐步向产品研发、设计、维修、销售等高端延伸。因此，面临加工贸易综合成本上涨、传统竞争优势逐步弱化的现实，南京海关正着力推动加工贸易从以制造环节代工为主向全产业链延伸，转型升级，促使加工企业研发、设计、检测、维修等潜力进一步释放。
推动加贸企业连接国内、国际两个市场载体是提升开放型经济的一大关键，“其中，税收法则是核心”。基于此，海关总署于2016年11月批准在昆山海关和苏州工业园区综保区率先实施了赋予区内企业增值税一般纳税人资格试点，这为区内企业与区外企业的“生意往来”提供了关键手续。截至2017年8月底，试点中共有22家企业开展试点业务，累计进出口25.08亿美元。根据安排，这一试点将继续扩大，并在未来根据发展形势实现全覆盖。
自贸区中涉及加工贸易的政策已在本次改革中全部吸收并结合江苏的实际进行了优化。其中，“以企业为单元加工贸易监管改革”则是海关总署加贸改革方案在江苏的重点抓手，其核心在于释放红利给企业，由“企业自报(企业自律管理、自定核销周期、单耗自核管理)、海关抽查”，这样可形成管理集约、权责明晰、风险可控、便捷高效的综合模式。