中欧班列境外运输段也存在通关效率不高的问题。中国铁路总公司运输局的王艳波在今年1月发表的《中欧班列建设发展规划研究》一文中指出，不同国家海关的检验检疫要求不一致，存在通关手续多、时间长、成本高、重复查验等问题，导致通关效率不高。
要推进中欧班列物流公共信息平台发展。整合国内相关行业、部门、企业信息资源，建设中欧班列信息服务平台，千讯咨询发布的《中国铁路市场前景调查分析报告》显示，逐步实现与沿线国家铁路、海关、检验检疫等信息系统的电子数据交换与共享，打通物流信息链，推行海关、检验检疫、铁路、港口单据电子化，打造“数字化”中欧班列。
要与中欧班列沿线国家海关建立国际合作机制，推进信息互换、监管互认、执法互助的海关合作，扩大海关间监管结果参考互认、商签海关合作协定等，推行中欧“经认证经营者”互认合作。还要推进检验检疫一体化，加强沿线国家检验检疫国际合作，推进疫情区域化管理和互认。
在中欧班列沿线区域打造无特定动植物疾病绿色通道，在班列沿线检验检疫机构间实施“通报、通检、通放”，实现沿线“出口直放、进口直通”，对符合条件的中欧班列集装箱货物实施免于开箱查验、口岸换证等政策。