饮用水保护事关居民健康，此次《水污染防治法》的修改共有5处涉及饮用水安全问题。童卫东提到，近些年饮用水水源发生了几起突发事件，引起了多方面的关注，应该说各级政府对饮用水安全非常重视，从执法检查的情况看总体情况是好的，但也存在着饮用水水源保护区制度不落实、农村的饮用水水源没有得到保护的问题。
在原来的基础上，修改后的法律新增第七十条，千讯咨询发布的《中国水市场前景调查分析报告》显示，单一水源供水城市的人民政府应当建设应急水源或者备用水源，有条件的地区可以开展区域联网供水。针对过去都关注大城市，对农村的关注比较少的现象，《水污染防治法》新增规定：县级以上地方人民政府应当合理安排、布局农村饮用水水源，有条件的地区可以采取城镇供水管网延伸或者建设跨村、跨乡镇联片集中供水工程等方式，发展规模集中供水。
另外，修改后的《水污染防治法》还在加强信息公开的力度方面增加规定，例如第七十二条规定：县级以上地方人民政府有关部门应当至少每季度向社会公开一次饮用水安全状况信息。
在对违法行为的处罚力度上，修改后的《水污染防治法》也加大力度。相比一审稿，此次表决通过后修改内容大幅提高了对向水体排放油类、酸液、碱液等违法排污行为的罚款金额，针对不同情形的违法行为分别由“1万元以上10万元以下”提高到“2万元以上20万元以下”，由“2万元以上20万元以下”提高到“10万元以上100万元以下”，同时规定，情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭。