央行表示，金融科技是技术驱动的金融创新，为金融发展注入了新的活力，但也给金融安全带来了新挑战。事实上，金融科技的风险点早已引起监管层的关注。央行科技司司长李伟指出，金融科技加速了业务风险外溢，具体表现为，跨行业、跨市场的跨界金融服务日益丰富，不同业务之间相互关联、渗透，金融风险更加错综复杂，风险的传染性更强。
据千讯咨询发布的的《中国金融市场前景调查分析报告》显示，在金融大数据方面，目前，商业机构对数据的追求近乎狂热，采数、存数更加常态化。部分机构通过抢占入口和渠道，大量汇集信息流、资金流、产品流，成为数据寡头，使得信息泄露风险高度集中。捷越联合创始人兼捷越普惠总裁马天帅也表示，随着网络基础设施的壮大普及，网络自动化程度越来越高，网络安全一旦失守，不仅会造成大量用户隐私外泄，也会对平台运营产生巨大的不良影响。
对于金融科技发展所面临的挑战，PPmoney理财董事长陈宝国认为，在互联网和科技行业存在的“赢家通吃”模式，在金融业是否可行值得考虑。金融科技从孵化到成熟再到应用，涉及多重标准化问题，既有技术本身的标准，也包括具体行业应用的标准。在没有形成统一通用的标准之前，可能产生后续的兼容性和互联互通问题。
金融科技监管面临两个难点。首选是各个监管部门如何做到监管内容的全覆盖，不留灰色地带；第二是监管如何适应金融科技的发展，既能做到有效监管，又不会将金融科技束缚在旧制度里，约束其发展。实际上，相比互联网金融，金融科技在监管方面稍微有所滞后，在分析人士看来，未来可能将加强金融科技的监管。