全国人大法律委员会认为，为了落实党的十八届三中全会提出的“推动环境保护费改税”任务，按照“落实税收法定原则”的要求，制定环境保护税法是必要的；草案经过审议修改，已经比较成熟。值得关注的是，相对于一审稿，二审草案在税额方面有了较大调整。其中，草案第六条规定，环境保护税的税目、税额，依照草案所附《环境保护税税目税额表》执行。应税大气污染物和水（水项目可行性研究报告）污染物的具体使用税额，由省、自治区、直辖市人民政府统筹考虑地区环境承载能力、污染物排放现状和经济社会生态发展目标要求，在草案所附《环境保护税税目税额表》规定的税额幅度内提出，报同级人民代表大会常务委员会决定，并报全国人民代表大会常务委员会和国务院备案。
根据《环境保护税税目税额表》规定，大气污染物和水污染物的税额幅度，以10倍为限。具体是指，大气污染物为每污染当量1.2元至12元，水污染物为每污染当量1.4元至14元。而在一审草案中，对大气污染物、水污染物每污染当量税额分别设定为1.2元、1.4元，并没有设定相应的区间范围。对此，全国人大法律委员会的解释是，有些常委会委员和地方、部门、企业提出，适用税额直接影响纳税人的税收负担，按照税收法定原则，应对上浮适用税额的上限或适用税额的幅度作出规定，以避免地区间税负差异过大。经研究，考虑到实践中一些地方已在国家规定的排污费征收标准基础上上浮了收费标准，建议进行相关修改。
蓝虹认为，未来各省在大气、水污染物每污染当量的税额规定上会有比较大的差异，污染重的地区单位税额肯定会很高。那么，这种做法会否使得一些地区出现故意降低税额情况呢？对此，蓝虹认为不用太过担心，因税额较低带来的区域排放量也相应较大，将面临区域总体环境质量的考核压力。