2012－2015年全国两化融合发展总指数分别为59．07、61．95、66．14、72．68，增速不可谓不快。但是，对于在两化融合过程中出现的问题同样应加以重视。对于东中西部两化融合发展水平差距应有客观认识，应因地制宜，不宜“一刀切”。尤其是西部地区，其工业（工业项目可行性研究报告）化程度总体上仍处于初级阶段，信息化发展不但与东部地区有很大差距，与中部地区相比也要差一截。2016年8月8日，工信部中国电子信息产业发展研究院发布的 《2015年度中国两化融合发展水平评估报告》显示，2015年东部两化融合平均指数是86．06，中部是73．40，西部是59．93，东中、中西、东西部差值分别扩大为12．66、13．47和26．13，这表明我国东中西部地两化融合发展水平差距是非常显著的。
因此，西部地区要想实现“跨越式”发展，就必须坚持以信息化推动新型工业化的道路，才能与东部逐渐缩小差距。东部地区两化融合则应该在方向上有所侧重，应把重点放在调整产业结构上，例如利用信息技术进一步调整企业的能源结构，进一步下调能源消耗，从而提高能源利用率。企业两化融合的步伐不断加快，但仍有许多不足之处。首先是有些政府工作人员和企业认不清发展的大势，对两化融合重视程度不够。无论是政府工作人员还是企业负责人都应该在认识水平上向更高层次迈进，切实把两化融合作为下一步经济社会发展的主攻方向和企业长久发展的重要目标加以推进。
其次是工业软件竞争力不足。众所周知，两化融合离不开工业软件，但我国工业软件的品牌效应还很欠缺。目前，我国大型工业企业使用的工业软件大部分都是国外的，成本和服务费用都很高。另一方面，我国工业软件很多由企业自我开发，好处是高度契合本企业，但潜在的弊端却是耗费资金和精力，无法推广和普及，小众化严重。