碳（碳项目可行性研究报告）排放权的分配原则首先包括公平原则与效率原则。国际层面上的碳排放空间分配，往往强调公平原则，也是全球气候治理机制的基础原则，但在一个主权国家内部，出于经济发展的考虑，往往更受重视效率原则。公平原则是碳排放权初始分配的首要原则。碳排放分配的公平性既关系到人与人之间的公平关系，也关系到人与自然之间的和谐关系；既要求代内公平，还要求代际公平。
国际社会从不同角度对公平原则提出多种理解，比如，国家主权原则，这是根据现行国际法规定各国主权的平等性派生出的一种原则；还包括历史责任原则、支付能力原则、基本需求原则与平等原则，这些原则分别从排放的历史责任、支付能力、人发展的基本需求与人权等角度提出。发展中国家往往强调历史责任原则和平等原则。近几年我国针对碳排放权的初始分配开展了大量理论研究和实践探索，在国内排放配额分配时，充分考虑了全国各地经济发展不平衡、资源禀赋差异等情况，基于历史责任原则、平等原则，乃至支付能力等原则，对碳交易政策实施的社会公平给予了充分考量。
效率原则是指碳排放权的分配应致力于减少乃至消除对经济发展的负面影响。效率原则并非国际间碳排放空间分配的首要原则，通常作为公平原则的补充而存在，在一国之内，效率原则受到的重视程度相对高一些。