从现行耕地保护制度体系来看，主要侧重行政及法律手段，包括划定基本农田、耕地占补平衡、土地（土地项目可行性研究报告）用途管制、耕地保护目标责任制和法律责任等制度，实际上在中国的现行制度体系下，本质上都是行政和法律手段。而在现行的市场经济条件下，土地资源是地区社会经济发展的重要资源之一，同样的土地资源用于不同的用途，所产生的社会经济价值、对区域社会经济发展的促进作用存在着巨大差异，尤其表现在农业利用与建设利用之间落差巨大。
导致地方政府往往争相将更多的农用地转变为建设用地，以满足更快、更强的区域社会经济发展要求，这就引起了地方政府在耕地资源保护与区域社会经济发展之间的尖锐矛盾。而在地方政府的直接利益驱使下，任何区域、任何级别的地方政府在保护耕地与发展经济之间，几乎毫无例外地选择发展经济，这就是当前耕地保护面临的无法回避的矛盾，也是影响耕地保护制度效果的最根本原因。
因此，现阶段要解决耕地保护的根本问题，关键在于解决保护耕地与占用耕地之间的利益关系问题，尤其在现行市场经济体制下，亟须构建耕地保护的区域补偿机制。现行的耕地保护制度尽管已经一定程度地体现了经济机制的作用。但是，一方面，现行的土地税费制度只是针对占用耕地者征收相关税费，另一方面，这些税费仍是交给地方政府，实际效果是对占用耕地者是制约机制，而对地方政府则是激励机制。