近年来，从中央到各地都在积极探索综合执法机制。2013年，环保部与公安部联合发文，建立环保和公安联合执法的衔接机制，包括联席会议制度、联络员制度、案件移送机制、重大案件会商和督办制度、紧急案件联合调查机制、案件信息共享机制以及奖惩机制方案（方案项目可行性研究报告）。“环保＋公安”双剑出鞘，严惩环境犯罪。浙江舟山亦探索“大海洋”综合行政执法模式.
对海洋渔业、港航、国土资源、水利等多个部门的海洋执法职能进行整合，“一个口子对外”综合执法，有效破解了 “多龙治海”导致的执法难题。2014年，党的十八届四中全会要求在资源环境、农林水利、海洋渔业等领域内全面推行综合执法。科学合理的体制机制是有效执法的关键。目前，我国实行部门统管与多部门分管相结合的执法体制，各部门之间的职能分配、责任归属、管辖范围不够明晰，导致部门之间各自为政、互相推诿的现象时有发生。
难以形成高效的执法合力。同时，在涉及跨地域、跨流域的问题同级同类部门之间常常缺乏协调配合，使得执法效率大大降低。因此，继续修改现行的条块分割体制、建立综合执法机制显得十分必要。整合多部门的职能和资源能为执法提供更坚实的人力、物力、财力保障，使执法效果显著增强。