当下营改增所遇到的问题有许多是因为试点方案过多地与税负联系，从而导致试点方案过于复杂，也让增值税的中性作用打了一定的折扣。试点方案（方案项目可行性研究报告）只能根据现实条件选择。试点的增值税制方案之所以复杂，有其特殊原因。这是在积极财政政策背景下所实施的税制改革。积极财政政策要求实施减税政策。增值税提供了40%以上的税收收入，是中国第一大税种。减税不减增值税是说不过去的。复杂的试点方案让增值税征纳双方都不太容易适应。
从全面试点方案的设计来看，不增加行业税负是一个重要目标。各行业税负不增加，营改增就不会增加税负。全面试点方案中的新增不动产进项税额抵扣是含金量特别高的一项举措，充分体现了营改增全面试点减税的政策意图。政策目标设定之后，还需要进一步落实。合理的目标设定，有助于试点方案的落实。不合理的目标设定，则可能导致方案落实效果不佳或是无法落实。营改增全面试点方案从总体上看符合宏观经济调控目标的要求，也与深化税制改革大趋势的方向是一致的。
增值税取代营业税是大势所趋，目标设定从总体上看是合理的。但是，营改增毕竟处在全面试点阶段。之所以要进行试点，就是因为实际情况较为复杂，有一些改革方案如果没有经过试点就贸然推出，会带来更多的不确定性。试点可以给改革方案的完善提供机会，从而降低全面改革的风险。也就是说，试点中发现问题是很正常的。关键的是遇到问题，要从建设性的角度来寻找解决方案，而不是简单地说试点没有必要或甚至否定试点。