以国家战略、时代变革与人类发展方向为导向，选取基金（基金项目可行性研究报告）投资的主要行业，原则上不配置于非主要行业的企业；第二，综合团队专业领域、行业发展前景、政府产业引导方向等因素，选取基金重点关注的关键行业；第三，在关键行业中，再选取细分行业作为重点配置方向。具体比例，应由基金管理机构根据市场情况和自身情况灵活设定。此外，单一行业投资应该设定比例限制，防止过度集中，以分散风险。
如基金为全国性基金，可根据各省份经济发展水平、产业发展阶段和特点，将全国31个省份（不含港澳台地区）划分为A、B、C三类，按照由多至少的比例原则，结合当地实际情况和政府引导意图配置资金；如基金为地方性、区域性基金，则可根据基金覆盖区域的具体情况，将相关地市按上述方法配置核心资产、关键资产和主要资产。
企业按照成长阶段可划分为种子期、初创期、成长期和成熟期，对不同阶段企业的配置比例取决于引导基金的类型。天使基金、创投基金和成长基金分别对应种子期、初创期和成长期企业配置核心资产，通常于相邻阶段配置关键资产和主要资产。另外，基金也应对单项目投资金额设定比例上限。以上述三个维度构建投资组合，可以形成“组合魔方”，使基金投资人员、管理人员和监管人员更形象地理解基金的资产配置并有效运用，从而提高政府引导类产业发展基金的投资和管理效益，真正实现产业与资本的有机融合，更好地达到政策效果。