近期，针对加工贸易的困境，要尽量把加工贸易留在国内，“把根留住”。其主要的思路是，一方面要稳住东部沿海地区的存量，一方面推动加工贸易业务往成本更低的中西部地区转移。为此，商务部提出设立产业引导基金（基金项目可行性研究报告），推动加工贸易腾退用地转做旅游、养老用地等措施。
一些中西部地区显然已做好了筹备工作。比如，与珠三角地区相距不远的广西已启动第二轮“加工贸易倍增计划”，对东部转移而来的加工贸易企业给予15%企业所得税等优惠。
不过东部地区内部还有转移的空间。例如广东的加工贸易区域格局严重不平衡，珠三角城市集中了全省97%的加工贸易业务，而占据全省八成面积的粤东西北地区仅占3%左右。因而，吴军希望国家层面不仅仅关注加工贸易向中西部迁移，还要同时关注加工贸易如何转移至与珠三角地区接壤的粤东西北地区。
事实上，加工贸易在国内的转移早非一日之事。针对国际市场需求乏力问题，已经有许多企业选择“出口转内销”。伴随着转移格局的同步进行，上世纪90年代形成的“海外接单-沿海加工-国际市场”加工制造模式，有望升级为“接单服务-境内加工-内外市场”制造服务模式。