环境理论创新是要注意发展过程中的环境容量问题，大自然有自净能力，超越自净的能力就会产生污染，同时需对环境质量的社会和经济效益，近期和远期价值进行评估，人与环境共存的底线和红线要划清，环境的社会地位应进一步提升，对破坏环境形成巨大的社会压力；环境制度创新不能仅仅依靠经济手段来治理污染，还需要社会制度的完善配套，在生产端和消费端进行改革。环境治理应该纳入到公共财政的支出重点中，环境治理法律法规（法律法规项目可行性研究报告）约束力应进一步增强。
城乡、区域、产业布局配置也有待优化；在环境科技创新方面，末端治理工程技术需要恢复，降低治理成本技术、环境污染的替代技术需进一步研究。而环境文化创新则要求人类生存必须要有自身健康的保护和维护意识。政府职能也应进一步调整，在环境治理上要以疏代堵、纳入考核、责任追究、信息公开透明。生态理论的创新首先要明确生态功能及其不同尺度、时间跨度的演变规律，同时生态补偿的方法也有待进一步落实。生态修复工程要符合自然规律，避免“花大钱办小事”的情况发生。此外，还应充分挖掘生态价值，促进生态经济发展；在生态制度创新方面，目前生态治理多头管理的弊端显著，区域性治理需统筹安排，并制定相应的生态建设激励政策。
同时，生态补偿制度的实施也应明确时间表；对于生态科技创新，要充分考虑生态修复成本与效益，借助自然的力量来解决我们的生态修复问题。把握生态功能区的尺度，将生态功能与经济发展有机融合。生态工程需宏观和微观相结合。生态补偿机制过程中核算与盘点需进行大范围的动态调整；生态文化的创新是要让每个人都形成生态自觉，运用生态学的基本观点去观察现实事物，解释现实社会，处理现实问题，形成天人合一，敬畏自然的生态伦理。