近年来， 政府持续加大医疗卫生投入，建立了覆盖城乡居民的社会基本医疗保障制度。在当下深化医改的过程中，面临的严峻问题是如何在政府投入和居民支出不再大幅增加的情况下，保证医保资金的长期平衡。
根据2015年国务院发布的《全国医疗卫生服务体系规划纲要2015-2020》，到2020年，通过深化医药卫生体制改革，实现“基本建立覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度和人民健康水平持续提升”。
基本医疗保险（医疗保险行业发展趋势分析预测报告）与公共卫生服务项目的对接。在十一项基本公共卫生服务项目中 ，除了“传染病和突发公共卫生事件报告和处理”以及“卫生监督协管”两项，其他项目整合到医保覆盖范围内。与这些项目相关的费用，直接由财政划拨到医保基金使用。以安徽省为例，2015年该省人均基本公共卫生服务经费为40元，对接以后医保人均收入预计能够增加30元左右。
由于历史原因，短期内退休职工不缴纳医疗保险费。但是，2012年我国有6624万退休人员享受城镇职工医疗保险，占该保险总人数的四分之一。随着老龄化问题加剧，仅由在岗职工缴纳医疗保险不能负担所有职工的医疗费用。因此，在中长期，配合延迟退休等政策，考虑推行退休职工缴纳医疗保险的制度。另一种办法是明确将现有的职工医疗保险缴费收入分成两部分，一部分用于当年支出，另一部分用于形成积累，为未来缴费人员占比下降做准备。
增加政府卫生支出，建立政府投入增长保障机制。即便近年来政府医疗卫生支出水平不断提高，我国的水平与“经合组织”(OECD)国家在相同经济发展阶段的平均投入水平仍有一定差距。根据中国发展研究基金会测算，以2011年为例，我国广义政府卫生支出占GDP的比例为2.88% ，比OECD国家同口径测算的平均水平低0.6个百分点。建立保障机制，确保政府卫生支出持续增长至合理水平，满足医保制度改革以及新医改对财政投入的需求。
改革医保支付制度，实现控费目标。改革当下的按服务付费的支付方式，建立按人头付费、按病种付费和按绩效付费等多种方式相结合的复合付费方式，构建合理激励机制，控制医疗费用过快增长，提高医疗资源利用效率。鼓励地方尝试新的支付方式。结合医保支付方式改革，推进分级诊疗和家庭医生制度，促进公立医院医疗服务价格制度改革，提高公共卫生医疗资源的使用效率，加强医疗创新。
支付体系改革建立在医疗服务体系改革的基础上。鼓励建立包含不同级别医疗机构的医疗服务集团，比如农村包括村卫生室、乡镇卫生院和县级医院，城市包括社区卫生院和综合医院。医疗服务集团之间互相竞争，消费者以年为单位，自由选择医疗集团提供所有医疗服务。医疗集团之间允许转诊。
推动商业性的补充健康保险。与基本医保有替代作用的商业医疗保险可以有效降低基本医疗保险的支付负担。比如高收入人群，对医疗服务的舒适度和人性化等方面有需求。商业保险可以满足这些需求，从而降低他们对基本医疗服务的利用，减少医疗花费。同时，商业保险公司有激励采取措施提高投保人的健康水平，减少发病率，这样也能起到减少基本医疗服务利用进而减少医疗支出的效果。
医保对医疗集团而非集团内部的医疗机构进行支付，基本思路是采用按人头付费的预付制与按绩效支付的后付制相结合的方式。具体两种支付方式可供选择：一是对所有医疗服务按人头付费，根据投保人特征调整人头费水平。二是基本医疗服务和其他服务分别付费。基本医疗服务，包括公共卫生，实行主要按人头付费;大病和住院实行主要按病种付费。人头费根据地区平均水平设定，每年变更，年初划拨。同时所有医疗服务辅助实行按绩效支付，年末支付。医疗集团承担患者医疗花费的成本，成本低的医疗集团享有结余，成本高的医疗集团增加支出。医疗集团之间允许转诊，但转出的医疗集团需承担患者的医疗费用。
推动家庭医生、健康保健师制度，保持人群健康，减少疾病特别是大病的发病率，控制医疗费用。配合医保支付制度改革和分级诊疗，建立家庭医生和健康保健师制度。从易患病的人群开始实施，比如儿童和老年人，逐步推广到所有人群。通过家庭医生，普及卫生知识，保持健康，减少发病率。生病以后通过家庭医生或在基层卫生机构得到及时治疗，防止小病拖成大病。