十八届三中全会为全面深化改革作了很好的顶层设计，很多改革的指导意见和方案，都得到了中央全面深化改革领导小组的批示。但是这些顶层设计和一些具体实施方案的衔接好像存在问题。
“最近一个月以来，出现了所谓的改革空转现象，上级部门忙着发文件，下级部门忙着学文件，一个文件还没学完，第二个文件又来了，或者说改革成了‘修辞’。”吴敬琏说，“这种批评，有一些可能不实，但是应该引起我们足够的警惕。一定要让这些很好的改革顶层设计、指导意见落地生根。”就像习近平总书记1月11日在中央全面深化改革领导小组第二十次会议上强调的，“全面深化改革头3年是夯基垒台、立柱架梁的3年，今年要力争把改革的主体框架搭建起来。要牢牢扭住全面深化改革各项目标，落实主体责任，理清责任链条，拧紧责任螺丝，提高履责效能，打通关节、疏通堵点、激活全盘，努力使各项改革都能落地生根。”
当下着力推进的供给侧改革，他认为是一个非常重要的决定。“这意味着我们从原来主要靠凯恩斯主义式的刺激政策搞增长，转向以提高供给质量，提高发展质量为主的宏观经济政策。这是领导决策思路的重要改变。”吴敬琏说。
过去主要是从需求侧的因素分析中国经济增速下降的原因，寻求应对方略。由此得出的结论是，经济减速是因为投资、消费、出口“三驾马车”的力量不足，所以应对的方略就是扩需求、保增长。但是执行这个方针若干年以后，出现了一些问题。
吴敬琏强调，从执行中央决定的情况来看，有一个重要问题必须解决，就是提高经济发展质量主要依靠市场力量，还是主要依靠行政手段?
“这是一个很大的问题。从理论上来说，大多数人都承认市场力量能促进资源从效率低下的企业中流出来，转向效率较高的企业，实现决策优化，也承认市场有能力激发创新创业的活力，达到奖优罚劣。但建立健全市场机制是很不容易做到的，而且需要相关机构和人员放弃既有的权力和利益，所以往往步履维艰。”
“对于政府机关和官员来说，最顺手的‘老方法’就是用行政手段干预。一方面下达指标压缩过剩产能，消除房地产（房地产项目可行性研究报告）库存;另一方面设置各种各样的扶持基金和高新技术开发区等。可是近年来的经验证明，优化结构必须优化体制机制，再辅以必要的行政手段。主要依靠行政手段调结构是很难取得成功的。”
在吴敬琏看来，现在面临的一大问题是投资回报递减，刺激经济的政策效率不断衰减，没有太大作用。与此同时，杠杆率不断提高，去年超过了警戒线，现在还在继续提高，隐藏着系统性风险。“我们不能再继续用这样的方法来应对挑战。”
吴敬琏说：“加快经济发展转型成败的关键，是能不能通过全面深化改革消除实现转型的体制性障碍。正式提出实现经济发展方式的转型已经20年了，是1995年制定‘九五’计划时提出来的，但直到现在转型还没有完全实现。在提出要实现转型10年后，就是制定‘十一五’规划的时候讨论过这个问题，为什么进展这么慢?当时给出的结论是存在体制性障碍，归结起来就是政府在资源配置中起主导作用，使市场的作用不能发挥。”
从供给侧的角度来看，问题更加明显，人口红利消失、增加投资难以为继、潜在经济增长率下降。这个问题到现在仍未解决，如何才能解决呢?那就是要全面深化改革，用全面深化改革消除这些转型中的体制机制障碍，通过发挥市场有效配置资源的作用来实现转型。