我国社会保障体系建设“摸着石头过河”二十余载，新农合与城镇居民医疗保险（医疗保险行业发展研究报告）制度的分立可算作这一过程中的“遗留问题”之一。但随着户籍制度改革和城镇化的推进，以及民生建设的需要，医保制度的城乡分立现状以及各地医保制度分割的局面需打破，相关改革进程也应提速。
根据人社部的最新统计，目前我国三项基本医保制度(职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险、新农合)覆盖人数已经超过了13亿人。随着全民医保体系基本形成，整合城乡居民医疗保险体制也被确定为既定方向。2013年3月召开的十二届全国人民代表大会第一次会议审议通过的国务院机构改革和职能转变方案提出，职工医保、城镇居民医保、新农合的职责要整合为由一个部门承担，并明确整合工作要在当年的6月底前完成。然而，时间已经过去两年多，各地医保制度分割的局面仍没有太大改观，且在城镇化过程中出现了一系列待遇失衡和制度衔接上的问题，重复参保、待遇重复享受、多头报销等现象依然存在。
比如，现行的医保参保类型主要以就业、户籍、年龄来确定，但人员身份的多重性、工作生活的流动性，导致参保身份难以界定：已经参加城镇居民医疗保险的外出务工人员，又在户籍所在地重复参加新农合;有些农民工的子女，在家乡以家庭为单位参加了新农合，而又在城镇就读的学校参加了居民医保;失地农民进入城市后，按照现行规定只要其拥有农民的身份，仍能参保新农合。另一方面，对参保人而言，新农合和城居保的普通门诊和住院报销比例普遍存在差异，不同群体待遇差别明显。
在这一背景下，即便暂时不提职工基本医疗保险制度，未来居民医保和新农合两者合并的必要性也不言而喻：合并完成后不仅两者在定点医院范围、用药药品目录、诊疗项目目录和服务设施目录等方面可以实现资源共享，而且对参保人而言，门诊病种有望增多，结算也将快捷省事。
目前，各地方对于医保城乡一体化的呼声十分强烈，不过从全国范围来看，医保制度并轨任务进展仍然缓慢。国家卫生计生委副主任马晓伟此前就曾透露，针对医保并轨的问题，目前还做不到“三保合一”，可以先做到“两保”合并。
笔者认为，实现“两保”合并首当其冲要解决部门管理问题。现行职工医保、居民医保由人力资源和社会保障部主管，新农合由国家卫计委主管的状态应尽快打破。建议协调各部工作，完成两制度从职能、机构、编制、人员、基金、资产等各方面的整体合并。同时，应统一制定政策法规，衔接好运行机制。要推进社会保障卡的发行工作，加快基本医疗保险统一信息系统的开发。
此外，城乡医保的衔接不能简单地取长补短，而是要以新的立场和角度，进一步细分政策标杆和政策标准。比如，在打破城乡身份的同时，要引入按不同收入水平分类的方法，制定有区别的医保待遇政策;与制度改革相结合，根据不同的医保支付方式，确定个人分担比例的标准，减少一刀切的普惠政策带来的福利刚性弊端，增加政策的针对性和差异性。