4月6日，国家审计署内相关专家指出，2011年6月至9月，审计署对45个县农村医疗卫生服务体系进行专项审计调查发现，部分县级医院违规加价销售药品。
针对这一现象，北京市一公立医院负责人表示，公立医院首先应该把公益性放在第一位，违规加价现象是违法的。“但在另一方面，由于政府投入严重不足，医院的各种消耗品却都是市场价，但我们的收费标准又是1998年的计划价，各地的院长为了保持平衡往往想尽办法，否则医院的收入很难保证。”
中投顾问医药行业研究员许玲妮表示：“由于这些县级医院的体制改革并不深入，监管机制也不完善，同时当地人们对基本药物制度并不十分了解，维权意识也不高，这一现象的监管还存在一定的难度。”
针对部分医院存在的违规收费现象，北京市房山中医院院长徐希胜表示：“医院要想办法发展业务来提高收入以维持稳定，而不是违规加价。”他以房山中医院实行的“低价运行、合理检查、合理治疗”为例，即通过合理检查和合理治疗来实现低价运行，通过低价运行来实现业务量的增长，通过多提供服务来获得收入。
许玲妮表示，预计未来要解决部分县级医院违规加价售药的问题，不仅需要相关部门积极支持公立医院改革试点，并完善相应的监管机制，同时也要采取公开所有基本药物的价格等措施，来增强基本药物制度的透明度和影响力。此外，各地政府部门也要建立相应的多渠道资金补偿机制，以解决这些基层医院的资金短缺等问题。