马晓伟要求，要以抗菌药物临床应用专项整治活动为切入点，推动公立医院改革不断深入。在全国开展抗菌药物临床应用专项整治活动，既是有效控制细菌耐药，降低人民群众就医负担，保障人民群众健康权益的迫切需要，又是卫生系统贯彻落实以人为本、执政为民要求，树立卫生行业良好形象的重要举措。
要继续将抗菌药物临床应用专项整治活动作为推进公立医院改革的重要切入点，通过活动的开展，进一步规范医疗行为，强化医疗质量安全意识；进一步提升医院管理水平，努力控制医疗费用不合理增长；推动激励机制和补偿机制改革，调动医务人员积极性。
马晓伟对下一阶段做好抗菌药物临床应用专项整治活动进行部署：
一是继续统一思想，加强组织领导。各级卫生行政部门和医疗机构要进一步统一思想，增强使命感、紧迫感和责任感，充分认识到抗菌药物临床应用专项整治活动对于推进公立医院改革、保障人民群众健康权益的重要意义，加强组织领导，细化落实措施。
二是要完善奖惩机制，加大奖惩力度。各级卫生行政部门要继续加大对活动开展情况的督导检查力度，将督导检查结果予以通报，树立先进典型，整改未达标的医疗机构。各医疗机构要建立、完善抗菌药物管理奖惩制度，将抗菌药物临床应用合理性评价结果作为各项考核评优工作的重要内容，加大对于抗菌药物不合理使用责任人的处理和惩罚力度。
三是要总结成功经验，巩固活动成果。对于取得的阶段性成效，要研究长效机制，将好的经验、做法以制度形式固化，并加以完善，使之更具科学性和可操作性；要采取有效措施，坚决避免出现“反弹”现象，巩固活动成果。
四是要加强行业培训，开展公众教育。各级卫生行政部门和医疗机构要继续把医务人员培训和加强公众教育放在重要位置，提高医疗机构抗菌药物临床应用管理水平和医务人员合理用药水平，营造合理使用抗菌药物的社会环境。
五是加强督导检查，确保取得实效。各级卫生行政部门要继续加大督导检查工作力度，把督导检查贯穿于活动的全过程，全面掌握各医疗机构活动进展动态，及时发现和解决工作中存在的问题，确保活动取得明显成效。