依托全国领先的航空快递、邮政渠道，北京海关大力支持北京跨境电子商务直购进口、零售一般出口开展，并积极探索网购保税进口业务。2017年，北京海关共验放零售出口业务申报清单3258.98万票，同比增长62.78%;商品3434.77万件，同比增长61.71%;价值5.55亿美元，同比增长108.65%;验放零售进口业务申报清单307.45万票，同比增长246.06%;商品价值13.17亿元人民币，同比增长291.96%。
目前我国跨境电商正面清单共包含2421种商品，主要集中在配方奶粉、鞋靴、食品、箱包、婴幼儿纸尿裤、童装、家电等品类。北京海关监管通关处通关管理科科长王宝全介绍，在我国现有的网购保税进口、直购进口、区域出口和一般出口这四种跨境电商监管模式中，北京地区跨境电商海关监管主要为直购进口业务、零售一般出口业务和网购保税进口业务，业务规模在全国稳居前五，迄今已有275家企业完成了跨境电子商务企业登记。
北京依托全国最发达的铁路、航空运力系统，以及全国最大的国际邮件处理中心及国际邮件航空交换站，同世界138个国家和地区的240个城市建立了邮件直封关系和高效的运输系统，峰值处理量达到90万件，全国近20%的国际航空邮件通过北京口岸转运出口。
北京地区零售一般出口主要以邮政小包出口为主，主要商品包括服装、饰件等小商品，出口英国、俄罗斯、澳大利亚等地。北京邮政跨境电商出口监管场所于2016年4月5日正式启动海关全面监管，实现了“跨境电子商务口岸一般出口”模式监管，将以往手工验放的邮政小包纳入电子商务管理系统，实施汇总报关，成为全国首家在邮政收寄场地实行海关监管并采取新型出口模式的电商邮件出口监管现场，成立至今，零售出口电商商品贸易总额达26.6亿美元。
北京燕文物流有限公司是北京邮政渠道主要跨境电子商务出口企业，在零售出口业务开通前，该公司出口商品需在北京站邮政处理中心打包后运往望京海关监管场所进行手工验放，验放时间长、物流成本高、程序繁琐。零售出口业务开通后，企业可在商品抵达北京站邮政处理中心前通过无纸化方式提前申报。商品运抵北京站邮政处理中心后，无须中转，可直接通过机检线系统进行海关验放。企业参与零售出口业务以来，汇总申报的通关时间已经压缩到了0.43小时，中转物流成本也大大降低。
2017年度，首都机场海关快件现场跨境电商通关货物共计382万件，同比增长521%，其中进境电商货物共计286万件，同比增长434%，出境通关电商货物共计95万件，同比增长1126%。据了解，首都机场口岸电商通关货物日均1.6万票，在年末国内外电商企业的打折季，进境电商日通关量达到3.1万票的峰值。
面对如此巨大的货物监管量，北京海关施行了企业“提前申报”、“无纸通关”、“税款担保、代收代缴、集中缴纳”的监管模式，将申报、缴税环节前推后移，最大限度地压缩通关时间，实现货物即时到港即时放行的“通道式”监管。同时，北京海关创新采用了“第三方物流企业辅助分拣”模式，对于非工作时间有应急需求的企业，其低风险快速放行货物由第三方物流企业对到港货物进行上线分拣实时放行通关，进一步疏通通关“通道”。
北京海关在跨境电商国航库设有的机检线设备规模大、效率高，可以在货物过机同时完成货物的查验、税金缴纳以及放行，因此在申报操作过程中节约了大量时间，同时为高资信、高评价的电商企业和物流企业提供了在“第三方辅助分拣模式”下快速通关这一通关便利，他们代理申报的亚马逊电商网站包裹在时效和清关效率上处于全国领先水平。
根据千讯咨询发布的《电子商务市场发展研究及投资前景报告》显示，由于北京市不属于“跨境电子商务综合试验区”范围，企业向海关申报前，须先取得出入境检验检疫局出具的《入境货物通关单》，造成企业在北京开展跨境保税进口业务时局限性较大，也影响了跨境保税进口在北京地区的发展。在北京市未纳入跨境电子商务综合试验区的情况下，北京海关在建设信息化系统和提高通关效率上下功夫，力促北京地区网购保税进口业务的发展。
2017年11月1日，北京地区跨境电商网购保税进口通关模式正式启动运行，首票24件澳大利亚葡萄酒以“保税跨境贸易电子商务A”监管方式顺利进入天竺综保区。11月15日，亦庄保税物流中心(B型)也验放了首票“保税跨境贸易电子商务A”监管方式货物入区;12月5日，北京地区首票网购保税进口商品在海关总署跨境电商统一版系统中正式申报放行。北京海关隶属经济技术开发区海关保税物流监管科长汪凯锋表示，这标志着北京地区跨境电子商务的进口通关模式已由“直购进口”的单车道成功升级为“网购保税进口”+“直购进口”的双车道和快行道。
亦庄保税物流中心运营方博大世通公司政府事务总监王国华对此深有感触：“跨境网购保税业务的落地给企业发展带来了新的发展机遇，公司选定第四代物流机器人作为库房操作的解决方案，依靠自有的ET保税直购中心，积极打造‘网购保税进口+实体零售体验店’销售新模式，拓展电商线下服务，通过支持企业线上线下业务的融合发展，更有效服务北京地区跨境网购业务的发展。”