广西北部湾曾是中国自然生态最好、最洁净的海域之一。然而，近年来随着沿岸地区开发建设速度不断加快，填海造地现象普遍，化工和重金属污染不断增多，陆地面源污染呈现上升趋势。作为衡量海洋生态的重要指标，红树林和近海鱼类均在不断减少，北部湾海洋生态保护压力剧增。“以前这里是一大片一大片绿油油的红树林，现在已经所剩无几，刚种下的红树林，要很多年才能长成，有的还不一定能存活。”望着眼前这片刚种下的红树林，广西北海冯家江附近的渔民老黄忍不住一声叹息。祖祖辈辈都是以出海打鱼为生的渔民，老黄深知红树林的作用。他说：“尤其是台风天，红树林为整个近海岸防风抵浪。”
10多年前，冯家江附近的红树林就开始被破坏，随着围海造田、水产养殖和景区开发等活动的开展，现在的风景已经大不同于儿时。在冯家江入海口看到，这里的红树林稀稀疏疏，有的已经枯死，有的已发黄，旁边一片低矮新种的红树林看上去显得十分单薄。不光在北海，在防城港北仑河口、钦州湾等地采访时发现，这些地方的红树林都遭到不同程度破坏。从事红树林研究已经20多年的广西红树林研究中心主任范航清称，以前北部湾海域红树林很少遭受虫害，而这几年，北部湾多地都曾发生“团水虱”等病虫害导致红树林大面积受灾，这在全球都很罕见。去年9月，北部湾海域红树林爆发了严重的虫灾，数千亩红树林受灾，一些生长长达数十年的红树林枯死后不得不烧毁。
我国红树林主要分布在广西、海南、广东、福建和台湾等地，作为重点分布区的广西北部湾，红树林总面积正以每年超过0.7%的速率减少。值得注意的是，红树林减少和遭受虫害只是北部湾海洋生态遭到破坏的表象。在北海、钦州等地采访时还发现，北部湾多个入海口正在遭受严重的污染。“附近几个养猪点散发着浓烈的臭气，污水直接就从厂里排到海里，污染严重。”阿华是北海的一名志愿者，长期从事海洋环境保护工作，在他的带领下，在广西北海一片海域附近看到，一股污水正从一个排污口直接流进大海，污水和近海海水均呈黑色，走近后，一股臭气扑鼻而来。一些城市污水、工业废水超标排放入海。钦州茅尾海，是我国最大的半封闭内海，也是我国最大的大蚝种苗基地。环境部门监测显示，茅尾海已经成为无机氮含量最高的海域，近几年水质已到四类及劣四类水质标准以下。“由于茅尾海是封闭性海湾，水体交换能力差，污染物不易排出，所以造成营养盐特别是无机氮的含量迅速提高。”一位官员说。
广西近岸海域环境质量报告书显示，近岸局部海域污染依然严重，主要污染要素为无机氮、石油类和活性磷酸盐。劣于第四类海水水质标准的海域主要分布在廉州湾、茅尾海、防城港东湾及北仑河口等局部海域。此外，廉州湾和茅尾海两大入海河口区，近年来曾多次发生赤潮异常现象。专家分析认为，近海海洋污染是陆域污染的直接反应，陆源养殖排污、生活污水排放、沿海工业排污和填海造地增加导致广西北部湾近海生态系统遭受破坏，进而引发红树林虫灾、近海鱼类减少、海藻大面积暴发等现象。“钢铁、造纸、石油（石油行业发展趋势分析预测报告）等数个大项目的上马是导致近海岸海域生态破坏的重要原因。”一位官员说，近年来广西经济发展非常迅速，尤其是北部湾经济区建立后，引进了多个重大项目，这些项目的确促进了经济发展，但由于部分涉及围海造田，部分企业直排也造成了一定程度的近海污染。
数据显示，2000年至2007年8年间，北部湾地区北海、防城港、钦州三市填海造地总面积为962公顷，但2008年至2012年5年间，三市填海造地面积分别达到了1039公顷、1689公顷和2380公顷。