根据《意见》，自治区各级人民政府对本行政区域内病死畜禽无害化处理负总责。农牧部门负责畜禽养殖场（户）、屠宰场、隔离场及病死畜禽（畜禽项目可行性研究报告）无害化处理厂等场所病死畜禽无害化处理监管和技术指导工作，提出病死畜禽无害化处理考核评估标准。发展改革和财政部门共同负责安排病死畜禽无害化处理公共基础设施建设项目，建设覆盖全区的无害化处理场所。财政部门负责落实病死畜禽无害化处理体系建设、政策性补贴和监管工作等经费，监督病死畜禽无害化处理资金的安排和使用。卫生计生部门负责公共卫生安全管理工作，做好食源性疾病监测和人畜共患疾病患者的救治。食品药品监管部门负责做好进入批发、零售市场或食品加工企业的病死畜禽无害化处理的监管工作，防止病死畜禽及其产品流入市场、流向餐桌。工商部门负责做好集贸市场畜禽及其产品监督管理工作。公安部门负责侦办加工制售病死畜禽及其产品等刑事案件。住房城乡建设部门负责指导病死畜禽无害化处理厂和掩埋场建设。国土资源部门负责病死畜禽无害化处理场所建设用地的保障。城市管理部门负责对城区病死畜禽收集和运送。乡（镇）人民政府和街道办事处负责本行政区域内病死畜禽清理，并送交无害化处理场所处理。
河流、湖泊、水库等水域发现的病死畜禽，由所在地县级人民政府组织收集处理；在城市公共场所以及乡村发现的病死畜禽，由所在地街道办事处或乡（镇）人民政府组织收集处理。在收集处理的同时，要及时组织力量调查病死畜禽来源，做好病死畜禽的追踪溯源。跨市、县（区）流入的病死畜禽，由自治区人民政府责令有关市、县（区）和部门调查。从事畜禽饲养、屠宰、经营、运输的单位和个人是病死畜禽无害化处理的第一责任人，负有对病死畜禽及时进行无害化处理并向当地畜牧兽医部门报告畜禽死亡及处理情况的义务。对于饲养、运输、屠宰、加工、储藏等环节发现的病死及死因不明畜禽，有关单位和个人必须严格依照国家有关法律法规，做好病死畜禽及其产品的报告和无害化处理工作。
此外，宁夏回族自治区将在银川市、石嘴山市、吴忠市、固原市、中卫市5个设区的市和灵武市、平罗县、青铜峡市、贺兰县、永宁县、中宁县6个县（市），建设符合公共卫生和环保要求并符合动物防疫条件的病死畜禽无害化处理厂。在红寺堡区、盐池县、同心县、西吉县、泾源县、隆德县、彭阳县、海原县8个县（区），建设病死畜禽无害化处理掩埋场。掩埋场配备全封闭收集、转运病死畜禽的运输工具和挖掘、高压消毒、焚烧等设施设备。在利通区奶牛养殖园区，青铜峡市、隆德县、中宁县生猪养殖区，沙坡头区蛋鸡养殖区，灵武市、平罗县、盐池县养羊密集区建立8个病死畜禽收集点，配备小型冷库和病死畜禽无害化处理收集车。在全区畜禽规模养殖场建设与其养殖规模相匹配的无害化处理池（冷库、焚烧炉）等无害化处理设施。
宁夏回族自治区将严肃查处随意抛弃病死畜禽、加工制售病死畜禽产品等违法犯罪行为。对涉嫌构成犯罪、依法需要追究刑事责任的，将移送公安机关，并依法立案侦查。对公安机关查扣的病死畜禽及其产品，在固定证据后，有关部门将及时组织做好无害化处理工作。宁夏回族自治区人民政府办公厅出台《关于建立病死畜禽无害化处理机制的实施意见》，明确提出坚持统筹规划与属地负责相结合、政府监管与市场运作相结合、财政补助与保险联动相结合、集中处理与自行处理相结合的原则，尽快建成可持续的覆盖饲养、屠宰、经营、运输等各环节的病死畜禽无害化处理体系，构建科学完备、运转高效的病死畜禽无害化处理机制。