根据近日公布的《国务院机构改革和职能转变方案》，铁路实行政企分开。将铁道部拟定铁路发展规划和政策的行政职责划入交通运输部;组建国家铁路局，由交通运输部管理，承担铁道部的其他行政职责;组建中国铁路总公司，承担铁道部的企业职责;不再保留铁道部。
对于此次改革是否会对火车票价产生影响，铁道部部长盛光祖近日表示，票价是否变化和政企分开没有必然联系。票价是否需要调整，要看整个铁路票价在国家价格体系中是否合理，价格的制定和运营成本的测算是否依法和合理。
盛光祖表示，目前，铁路(铁路市场前景调查分析报告)的平均票价是偏低的，至于今后的火车票价，还要按市场规律办，按照企业化经营的模式来定票价。“我们也会努力让火车票更好买一些。”
据了解，对于未来火车票价格将市场化运行，有市民担心，按照市场化运行后，火车票价可能上涨，甚至有人担心以后会坐不起火车。也有人猜测，“按照市场规律定票价”的说法在暗示铁路廉价票价的历史将随着铁道部的消失成为历史。如果铁路票价猛增，百姓可能难以接受。
对此，中央机构编制委员会办公室副主任王峰11日在回应火车票是否会因机构改革而涨价时表示，机构改革能够加强铁路领域的管理职能，至于会不会涨价这是一个市场问题，是政策问题，还有执行政策问题，和机构改革有联系，但是它没有必然的联系。
同时，清华大学中国与世界经济研究中心研究员袁钢明也表示“不一定会涨价”。袁钢明表示，政企分开以后，铁路的运行提高了，市场经济压力增大了，平时管理中考虑到没有政府补贴，就会注意节约成本，降低成本，然后提高效率，就仍然有降价的空间。这些年大量的改革都是这样的，它越依赖政府越亏损，越需要发展越需要提价，反过来，如果越竞争，降低成本越提高，反而价格能降低。
全国政协委员、中国铁道科学研究院主任研究员李和平对此则持乐观态度。李和平在谈到改制后的票价问题时表示：“改革后价格不会不合理。公众可以放心，市场化后只会对民生越来越有利。”