一审未通过的个税修正案草案或于6月底进行二审。在5月31日个税修正案网上征求意见结束之后，专家学者对个税改革方案的争论仍然没有停止。财政部财科所所长贾康 、国家税务总局税科所所长刘佐、著名经济学家华生、清华大学教授李稻葵就个税改革方案是否合理等问题展开了激辩。
3000元免征额是否合理
刘佐认为，根据他对相关数据的测算，3000元的免征额是可以的。不过他赞成各地区差异化征收，且与消费者物价指数（CPI）挂钩进行动态调整。他还建议将调整免征额的权力下放给国务院，这样以后再调整就不需要经过全国人大讨论了。
李稻葵也认为，免征额应该体现地区差异，比如按照生活成本高低，将全国划分为高、中、低成本三类地区，免征额分别定为5000元、4000元和3000元。
华生表示，由于低收入者没有受益免征额上调，所以免征额定为3000元不合适。他也认为应有动态调整机制。 贾康则认为，免征额差别化还存在较大操作难度，比如如何界定高、中、低成本地区，如何确定何人适用何种地区的标准，都存在难度。
收入差距问题是否改善
贾康认为，此次改革方案是对个税的“小配套”优化，有明显的正面效应，月收入（扣除三险一金之后）在1.9万元以下的人群税负都得到减轻，体现政府调节收入差距和贫富差距的思路。
刘佐分析认为，免征额提高到3000元在一定程度上可以减轻部分地区中低收入者的负担。如在北京，月薪3000元属于低收入者，调整对于这些人群税负有所减轻。然而，这样的调整对于西宁的低收入者可能影响不大。
华生则认为，免征额提高到3000元，税率九变七，对于2000元以下的低收入者人群没有丝毫影响，对月入1万元左右的中等收入者则起到减税作用，从这个角度来看，改革不仅没有缩小收入差距，反而是扩大了差距。
中等收入者税负是否应再减
按照个税修正案草案，月入8000元到1.2万元的人群受惠最多。但贾康认为，这次税改方案仍然没有体现出培育中产阶层的导向，为此，他建议将15%的税率恢复，再把20%的税率恢复，这样月入7500元到2.45万元的人群可以得到进一步的减税。
不过，刘佐对中等收入者的定义与贾康并不相同，他认为，月入1万元就是中产阶层，月入在1万以上的人的税负不应该再减轻，而这一点在他提交给全国人大的建议当中也明确提及。
尽管专家们对上述问题意见不尽相同，但在对个税改革未来的方向上，专家们的观点却高度一致，那就是向综合与分类相结合的方向改革。