当前小农户和现代农业发展有机衔接面临着三个突出问题：一是在工业化、城镇化深入推进过程中，小农户面临发展权利不充分的问题；二是在农村新产业新业态加快发展进程中，小农户面临发展机会不充分的问题；三是在农村一二三产业融合发展过程中，小农户面临分享现代农业发展成果不充分的问题。
据千讯咨询发布的《中国农业市场前景调查分析报告》显示，一些新型农业经营主体，特别是工商资本下乡更多地关心经营效益，不够注重带动农民发展，使得小农户难以有效分享农业现代化的成果。发展农产品加工业、休闲农业和乡村旅游，应当鼓励资本下乡，但一些地方“资本下乡却代替了老乡，没有带动老乡”，“农家乐光让老板乐了，没有让农民乐”；有的地方甚至出现了老板圈地盖房、坐地收钱，“富了老板，亏了老乡”的现象；还有个别地方在农业园区建设中甚至脱离农业，异化为工业园，成为“穿农业马甲的工业项目”。
然而，促进小农户和现代农业发展有机衔接，又有着重要的意义。提升小农户发展能力、提高小农户组织化程度、拓展小农户增收空间、健全面向小农户的社会化服务体系、完善小农户扶持政策等措施。在今后相当长的时期内，新型农业经营主体与小农户共生发展应该是我国农业发展的常态。要科学处理培育新型农业经营主体与扶持小农户发展的关系，“统筹兼顾，引导二者优势互补、共生共赢”。
要将适度支持新型农业经营主体发挥对农业高质量发展的引领带动作用，同支持小农户扬长避短和转型提升有机结合起来；将适度支持新型农业经营主体在增强农业创新力和竞争力方面发挥“领头羊”作用，同支持小农户在粮食安全、文化传承、生态保护、社会稳定方面发挥“兜底线”作用有机结合起来。
鼓励小农户以土地经营权、林权等入股龙头企业并采取特殊保护，探索实行农民负盈不负亏的分配机制。农户土地经营权入股要作为一种特殊的资产和特殊权益，不能像一般的农民资金入股一样承担风险。因为，一旦农民负亏就很有可能没有积极性入股。不能给农民带来收益，也会影响到农民收入的稳定增长。