重金属是对人体危害极大的元素，在重金属废水中，含有的重金属元素十分多，一方面人们在饮水的时候很有可能会饮用到受到重金属污染的废水，从而对人们的身体健康造成极大危害，另一方面一些重金属废水会间接污染农产品，比如在农业生产过程中灌溉水源受到重金属污染，利用这些污染进行灌溉，导致重金属残留，增加土壤中重金属元素含量，使得农作物生长受到影响，人们食用这些农作物时也会受到危害。
千讯咨询发布的中国重金属废水市场前景调查分析报告显示，重金属对人体的危害主要体现在抑制人体内酶的活动，使得人体内的细胞质中毒，从而伤害神经组织，同时，还可能会损坏人体的解毒功能，比如对肾脏、肝脏等组织产生危害，重金属元素通过水体直接或者间接进入食物链之后，会严重消耗人体内的铁元素、维生素以及其他的营养物质，使得人体的免疫防御系统受到危害。
重金属废水中的重金属含量过高，对其中的水生植物也会带来较大危害，其主要的危害体现在改变细胞的细微结构上，例如会抑制水生植物细胞的光合作用、呼吸作用、酶的活性，使得水生植物的核酸组成成分发生改变，对细胞产生抑制作用，导致水生植物的生长受到极大影响。由于水生植物是水体中其他浮游生物的食物以及氧气来源，所以当水生植物受到危害的时候还会对水体中的浮游生物产生危害。
当水体中的重金属元素含量升高时，会对水生动物的生长发育产生十分严重的影响，导致水生动物的生理代谢过程受到危害和影响。比如海水中的重金属离子含量超标，会导致文昌鱼中毒，使其身体出现弯曲形状最终死亡。另外重金属元素对水生物的遗传表达方式也会产生影响，导致其基因表达出现错误，进而引起水生动物种族灭绝。
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