“新时代高教40条”围绕大学生在本科阶段“学什么”和“怎么学”这两个关键环节，提出了一系列针对性的改革措施。其中，在“学什么”方面，“新时代高教40条”提出“大力推进一流专业建设”，要求实施一流专业建设“双万计划”：建设1万个国家级一流专业点和1万个省级一流专业点，引领支撑高水平本科教育。
千讯咨询发布的《中国教育市场前景调查分析报告》显示，文件对“双一流”高校和应用型高校的专业教育建设，分别提出了不同的标准要求。规定“双一流”高校要率先建成一流专业，而应用型本科高校则要结合办学特色努力建设一流专业。但同时也应该明确高校专业建设是一个循序渐进的过程，“双万计划”在现实的实施过程中不可能一蹴而就，其背后定然还涉及到解决高校的资金、教师等关键资源要素的配置与保障问题。
新时代高教40条”还用了较大的篇幅来部署改革大学生在学校里面“怎么学”。其中既包括了推进中国慕课建设与运用，也包括了构建协同育人机制等保障制度等。此次文件着重强调了“围绕激发学生学习兴趣和潜能深化教学改革”，并围绕这一要求提出了完善学分制、探索颁发荣誉学位和探索建立大学生诚信制度等多项涉及“怎么学”的改革举措。
该文件对传统招考制度下的专业课学习模式，提出了相应的改革举措，重点在推进辅修专业制度和跨学科学习方面进行了改革的探索。“新时代高教40条”提出，推进辅修专业制度改革，探索将辅修专业制度纳入国家学籍学历管理体系，允许学生自主选择辅修专业。完善学分制，推动健全学分制收费管理制度，扩大学生学习自主权、选择权，鼓励学生跨学科、跨专业学习，允许学生自主选择专业和课程。