长江流域将落实保护优先，实施生态修复。把修复长江生态环境摆在压倒性位置。为此，到2020年，长江流域重点水域将实现常年禁捕，水生生物保护区建设和监管能力显著提升，关键生境修复取得实质性进展。到2035年，长江流域生态环境明显改善，水生生物栖息生境得到全面保护，水生生物资源显著增长。
千讯咨询发布的《中国水市场前景调查分析报告》显示，要推进重点水域禁捕。加快建立长江流域重点水域禁捕补偿制度，统筹推进渔民上岸安居、精准扶贫等方面政策落实，通过资金奖补、就业扶持、社会保障等措施，引导长江流域捕捞渔民加快退捕转产，率先在水生生物保护区实现全面禁捕。健全河流湖泊休养生息制度，在长江干流和重要支流等重点水域逐步实行合理期限内禁捕的禁渔期制度。
引导长江流域捕捞渔民退捕转产，率先在水生生物保护区实现全面禁捕，在重点水域实行合理期限的常年禁渔期制度，为长江的休养生息留出时间和空间。目前，珠江、淮河、黄河等流域已经施行休渔禁渔制度，有效保护了水生生物资源和水域生态环境，取得了良好的经济、社会和生态效益。农业农村部正就辽河、海河、松花江等流域禁渔期制度公开征求意见，争取早日实现七大流域全部实行禁渔休渔的管理。
上世纪50年代，长江渔业年均捕捞量都在45万吨左右，占到当时全国淡水捕捞产量的60%。现在长江干流的捕捞量已经不足10万吨，只占到全国淡水水产品总量的0.32%。长江野生鱼类资源在中国渔业产量中的比重已经微乎其微，长江捕捞业陷入到了渔民越捕越穷、生态越捕越糟的恶性循环。
长江流域水生生物中列入《中国濒危动物红皮书》的濒危鱼类物种达到了92种，列入《濒危野生动植物国际贸易公约》附录的物种接近300种。国家一级保护动物白鳍豚、白鲟，已经消失多年。长江流域目前抓保护需要各省步调一致，如果有的地方力度不大，可能会影响下游省份的发展。