长江流域很多重点湖泊水质较差。西洞庭湖水域南咀以及洞庭湖出口城陵矶（七里山）断面水质均为Ⅳ类，鄱阳湖出口湖口断面水质为Ⅳ类，巢湖的半湖和东半湖水域营养化程度均为中度富营养，西半湖水质为Ⅳ类～劣Ⅴ类。滇池草海和外海营养化程度均为轻度，草海水质为Ⅴ类、劣Ⅴ类。
目前，各省市正在加快长江沿线的化工企业和港口码头等治理步伐。湖北提出，沿江1公里内禁止新建化工项目和重化工园区，沿江15公里范围内一律禁止在园区外新建化工项目。加大岸线生态修复工作力度，抓紧做好非法码头取缔后恢复岸滩原貌和滩地补植复绿工作。
长江沿线很多化工厂、钢铁厂等企业应该加快搬迁。有的企业过去的矿产资源优势已经不明显，现在产量也不多，因此长江沿线的一些重污染企业也应该考虑调整。
上世纪50年代，长江渔业年均捕捞量都在45万吨左右，千讯咨询发布的《中国水市场前景调查分析报告》显示，占到当时全国淡水捕捞产量的60%。现在长江干流的捕捞量已经不足10万吨，只占到全国淡水水产品总量的0.32%。长江野生鱼类资源在中国渔业产量中的比重已经微乎其微，长江捕捞业陷入到了渔民越捕越穷、生态越捕越糟的恶性循环。