环境部介绍，各督查组已对212个地级市报送的688个水源地2059个问题清单开展了现场核查，并通过12369电话、微信举报以及卫星遥感监测结果提供的线索，新发现45个问题，主要包括工业企业、农业面源污染、生活面源污染等。
上述问题主要涉及贵州省毕节市赫章县、云南省临沧市云县、广东省汕头市、黑龙江省黑河市、河南省开封市等地。千讯咨询发布的《中国水市场前景调查分析报告》显示，污水直排水源地成为一些地方水源地最为集中的问题之一。其中，山东莱芜乔店水库二级保护区内景松园林旁堆放大量建筑垃圾，居民生活污水直排水源地。陕西安康马坡岭及许家台水源地一级保护区内存在一个生活污水排放口，沿岸居民生活污水未经处理直排水源地，现场检查时，两艘采砂船正在一级保护区内作业，采砂废水直排水源地。
其二级保护区内存在采沙场地和天源砖厂，检查时正在生产，废水直排水源地，二级保护区内存在一大型蔬菜种植基地，废水直接排入水源地。浙江湖州长兴合溪水库二级保护区内合溪新村集中居住区生活废水经处理后排入保护区。
同时，江苏苏州太仓市长江浪港水源地二级保护区内存在太仓市第二水厂工艺废水排放口。内蒙古赤峰中心城区三座店水库水源地有一鱼干加工厂正在生产，污染物未经处理直排。黑龙江黑河小金厂水源地二级保护区内卧牛湖水库管理站生活污水和餐厨垃圾利用渗坑排放，生活垃圾无收集措施，随意堆放。河南开封黄河黑岗口水源地二级保护区内正在新建一个养鸡场，工人生活污水直排。水源地水质状况关系到当地千万居民的饮水安全，水源地出现污水直排，对当地水源地的水质将带来较大威胁，需要高度重视。