处于“一国、两制、三个独立关税区”体制机制框架之下的粤港澳大湾区，尚需破解体制机制束缚。王荣直言，如今形成的局面是：会晤对话多多，礼节客套繁缛，务实推动乏力，整合机制缺失。从事珠江河口的水环境、防洪等方面的研究。湾区水域水污染问题突出，尤其是三地城市间的交界河流，污染严重。交界河流职责不明确，大家都有些相互地推诿。近年来，国家推行河长制，交界河流有了责任明确的河长，各城市也加大了河流污染治理的投入，目前已经取得明显的改善效果。
千讯咨询发布的《中国水市场前景调查分析报告》显示，大湾区发展需要以保护大湾区水域自然生态、治理污染改善水环境为基础，这需要各城市各部门形成共识、合力治水；目前三地间的协作还存在一定的体制机制障碍，唯有希望构建中央层面的协调机构，即由国家领导人牵头的粤港澳大湾区建设协调机构，如同中国的河长制，湾区需要有“湾长”，对整个大湾区负责任。基于这一现实困境，设立粤港澳大湾区建设协调机构的呼声渐高。
早在2009年，国务院公布实施《珠江三角洲地区改革发展规划纲要(2008-2020年)》，首次将粤港澳紧密合作相关内容纳入其中，三地合作首次上升为国家发展战略。然而粤港澳大湾区的建设进程并没有加快，据马向明介绍，过去建立起的机制是联席会议，有什么事情开个会，开完之后各自部门就分头落实，采取这样的方法，效果并不理想。
一个值得借鉴的例子是，为了落实《珠三角规划纲要》，省里成立了一个专门的纲要办，这个机构就是设在省办公厅。就是因为有了这个机构，年年都会有评估考核，对珠三角一体化的推进，就有了相当大的进步。