分布式能源大规模商业化道路上首先遇到的是普遍存在的上网难和售电难的顽疾。分布式能源本质上是为了促进消费端就近消纳清洁能源而诞生的，然而受制于传统的电力体制，中国的分布式能源项目长期以来一直无法就近售电，只能采用包括“自发自用，余电上网”以及“全额上网”等有限的几种模式，无法充分发挥分布式能源就近调度消纳的最大优势。
另外，电网公司拥有电力统购统销的垄断地位，千讯咨询发布的《中国能源市场前景调查分析报告》显示，从商业上来说分布式能源的发展会削弱电网公司的既得利益，因而电网公司也就没有内在动力在售电、代收费、补贴垫付等问题上全力支持分布式能源的发展。上网难和售电难的问题严重影响了分布式能源产业的发展速度和规模，并且与国家鼓励分布式能源及可再生能源发展的初衷背道而驰。
分布式能源大规模商业化发展的另外一重障碍是融资困境。中国的金融体系仍以服务于传统大型国企主导的集中式能源生产模式为主，对涌现于民间但又存在一定风险的分布式项目缺乏相应的金融服务机制，限制了分布式能源项目的发展。对于分布式光伏发电项目而言，现金流严重依赖光伏补贴，在可再生能源电价附加资金收支不平衡，补贴资金资格认定周期较长、发放不及时的情况下，分布式光伏项目开发企业资金周转困难甚至亏损等等。
对于分布式天然气项目而言，项目的经济性受到较高的天然气成本和较低的燃气上网电价的双重挤压，项目经济性与燃煤发电横向比较仍欠缺竞争力。由于起步较晚，且分布式能源的商业模式存在较高风险，金融机构在对分布式项目的贷款上都相对谨慎，导致分布式项目面临融资渠道窄、融资难度大、融资成本高的问题。