2013年后，我国经济从高速增长转向中高速增长，经济结构转向创新驱动，对地质勘查行业造成重大影响，相关投入随之减少。与此同时，地质勘查行业历史遗留问题逐渐显现，行业未来发展面临挑战。
体制问题
近十年来，地质勘查单位已完成政府职能与事企职能的分离，并在实行事企分体运行方面做了大量有益的探索，但并没有解决事企职能的彻底分离，地勘单位还是一种事企合一的经济体，与发达国家相比存在明显差异。
受这种传统体制的约束，再由于政府对矿业权的垄断配置，地勘单位无论是在矿业权的获取，还是对自己所拥有的矿业权的处置和收益方面均受到很多限制，在人才、技术、资料、设备等方面的优势也没有充分发挥，未能成为矿业市场的主体，不能建立和形成具有持续收益能力的支柱产业，严重影响了地勘单位的可持续发展。
市场问题
进入市场经济后，由于受传统体制的束缚和政府主导的矿业权垄断配置，地质勘查单位难以成为矿业市场的主体，不能实现探矿成果的收益。加上自有资金的匮乏，既不愿意也不可能进行自有投入风险勘查。
如此一来，大多数地勘单位还只能由政府养着，在帮助政府实现资源垄断配置的同时，靠开展社会地质工作赚取微薄的利润，在经济上难以有大的发展。
在现有体制下，地勘单位要突破市场瓶颈，一要靠国家的政策导向；二要坚持事业单位企业化经营管理的模式；三要坚决走“瘦身精兵”之路，加强技术创新和特色服务，严格成本与风险控制，实施精细化的预算管理，追求实实在在的利润，增加资本积累。
管理问题
随着我国社会主义市场经济的发展，地勘单位沿袭的管理模式和理念已越来越难以适应市场的变化和要求，严重制约了自身经济的发展。
一是自计划经济时期形成的自成一体的封闭性管理与市场经济的开放性特征相悖，难以适应外部环境的变化；
二是权力集中在以主要领导者为核心的极少部分人员手中，决策体系缺乏有效的监督、反馈和制约机制，在决策方面往往缺乏科学化和民主化；
三是由于历史原因形成的内部各种错综复杂的人际关系渗透到日常管理工作中，导致单位内部形成各自的利益小集团，影响了制度执行的公平性，继而危害大局的发展。
其他问题
除了上述主要问题，地质勘查行业还面临违法勘采与政出多门，市场化程度低、地方保护主义严重，出现人才断层、复合型人才缺乏，资源浪费严重、不同部门重复投资，矿业权市场建设滞后，忽视科技创新、勘探技术与装备较为落后，可行性研究与勘查工作脱节等其他问题。
例如，我国很多地勘单位只注重开拓社会市场，增加经济效益，人力、物力的应用都集中在具体项目实施上，真正投资在科技创新、技术手段创新方面的人力、物力资本少之又少，潜心搞研究的技术人员也很少。
据千讯咨询发布的中国地质勘查专用设备市场发展研究及投资前景报告数据显示，2009-2015年，中国地质勘探行业的专利申请数量仅小幅增长。2014年，中国地质勘探行业专利申请数量为52个；到2015年，地质勘探行业专利申请数量为78个。
相关研究报告：
中国地下水资源地质勘查市场调查研究报告
地质勘查专用设备项目可行性研究报告
中国地质勘查专用设备行业发展趋势分析预测报告