经过全国人大常委会两次审议，《水污染防治法》的修改于6月由十二届全国人大常委会第二十八次会议表决通过，并将于2018年1月1日起施行。在审议过程中，部分全国人大常委会委员提出了意见和建议，表决通过的修改内容共有56处。
河长制写入水污染防治法是本次修法的亮点之一。修订后的《水污染防治法》第五条显示，省、市、县、乡建立河长制，分级分段组织领导本行政区域内江河、湖泊的水资源保护、水域岸线管理、水污染防治、水环境治理等工作。河长制是河湖管理工作的一项制度创新，也是我国水环境治理体系和保障国家水安全的制度创新。
在全国人大常委会分组审议中，有委员提出，将河长制上升为法律后，应增加法律责任的追究条款。关于河长制的追责问题，修改后的《水污染防治法》并没有规定。对此，河长制实际上是一种新的机制，原来把环境治理的责任通过法律明确为地方政府的相关部门，由于涉及的领域、部门比较多，如何形成合力，千讯咨询发布的《中国水市场前景调查分析报告》显示，一直是水污染治理的一个难题。
一些地方根据实践推动了河长制，要求党政领导负责组织协调各方力量对水环境治理、水生态保护、水生态修复等工作亲自抓，从实践看效果是好的。至于党政领导的个人责任，会纳入对他们的考核中，对他们的晋升奖惩等都会有影响。
在审议过程中，部分委员也提到跨行政区域河流治理纳入河长制的问题。童卫东称，现在水污染治理实际上还是以属地为主，当然也需要打破行政区划限制，加强流域综合治理。