整体来看，本次《“十三五”深化医药卫生体制改革规划》在引领全文的指导思想、基本原则和主要目标上出现了明显的调整，令人颇为意外。坚持政府主导与发挥市场机制作用相结合，以及医疗（医疗项目可行性研究报告）、医保、医药联动改革等原则，值得注意的是，在基本原则中政府和市场角色的划分上，《“十三五”深化医药卫生体制改革规划》明确，我国要在基本医疗卫生服务领域，坚持政府主导，落实政府责任，适当引入竞争机制。对此，汪兆平分析称，以往我国在各类顶层设计政策中，在提及基本医疗卫生服务时大多还是比较强调政府主导的原则，引入竞争机制的提法十分鲜见，这意味着以前泾渭分明的公立医疗机构和社会办医未来将可以在一个平台上适当进行“面对面”的竞争。
不过，至今无论是政府还是业界对于基本医疗卫生服务领域的定义仍然相对模糊，没有形成统一的意见，“从业内的角度，一种观点认为基本医疗卫生服务要根据医保报销额度来确定；另一种则认为公立医院主导的相关治疗领域是基本服务，康复、养老、整形、美容等公立医院不重点关注的领域是基本之外社会资本接盘的领域”。有专家直言，按照后者划分标准来看，以往社会资本和公立医院很难站到同一个平台上竞争，而且公立医院在基本医疗卫生服务领域的话语权也不容置疑，但未来这种局面有望得到改变。
在基本医疗卫生服务领域引入竞争机制后，提出另一项基本原则：坚持推进供给侧结构性改革。实行政事分开、管办分开、医药分开、营利性和非营利性分开，优化供给侧治理能力和要素配置，提升服务效率和质量。对需求侧进行科学引导，合理划分政府、社会、个人责任，促进社会共治。上述专家分析，这句看似空泛的语言其实背后却显示出我国在对医疗行业的管理思路上出现转变，开始将经济、产业领域的政策概念移植到医疗行业。“结合上述对基本医疗卫生服务领域引入竞争机制的说法，可以看出我国开始用更加市场化的方式统筹医疗行业，进一步巩固医疗卫生行业是一个产业也是一个市场的观念，强化市场在行业中发挥的作用。